Las distintas disciplinas que abarca la ciencia abierta trabajan de manera conjunta; tal es el caso del código abierto, la investigación abierta y reproducible y los datos abiertos. En el presente artículo tratamos sobre pyOpenSci, un proyecto al servicio de la ciencia, desarrollado bajo el enfoque de estas disciplinas. Si eres un programador, quieres desarrollar (o estás desarrollando) algún paquete científico con Python y que sea aceptado por una gran comunidad de pythonistas, entonces aquí encontrarás lo que necesitas saber para lograrlo.

¿Qué es pyOpenSci?

pyOpenSci, también conocido como pyOpenScience, es un proyecto encargado de promover la ciencia abierta mediante el apoyo al desarrollo, la revisión por pares y la publicación abierta de paquetes científicos escritos en Python con una buena documentación y probados previamente; que puedan ser utilizados para recopilar, descargar y transformar datos científicos con una metodología de trabajo abierta y reproducible.

El modelo de trabajo de pyOpenSci está basada en la comunidad rOpenSci. pyOpenSci no trabaja sólo, tiene una fuerte vinculación con la Journal of Open Source Software (JOSS), revista que fomenta la revisión por pares, la aceptación y la publicación de software de código abierto. Por ello, estas dos comunidades pueden verse como complementarias entre sí. El enfoque en el proceso de revisión de pyOpenSci es más práctico que el del JOSS. Con pyOpenSci los autores pueden publicar sus paquetes con un DOI (Digital Object Identifier) de manera que puedan ser citados y descubribles por los buscadores de artículos científicos.

Inicios de pyOpenSci, un relato de su fundador

El proyecto pyOpenSci surgió por el pythonista Steve Moss. En el post Facilitating Open Science with Python de su autoría, publicado en el blog de rOpenSci en mayo del 2013, manifiesta las razones de ¿Por qué Python? ¿Por qué pyOpenSci? donde textualmente cita: «quería, ante todo, facilitar la mejora del campo científico, permitiendo y promoviendo la apertura y el intercambio dentro y entre las comunidades científicas. Creo que sólo es posible que la ciencia progrese si se hace completamente transparente». De allí es donde se fundamentan los ideales de pyOpenSci.

El proyecto pretende mejorar y facilitar la apertura de la investigación científica. Para ese momento Steve Moss tenía la esperanza de poder alentar a los investigadores a utilizar pyOpenSci para desarrollar, compartir y comprometerse con sus estrategias para hacer posible la ciencia abierta. Para esto esperaba poder ofrecer talleres, sesiones de formación, consultoría y apoyo para hacerlo y que pyOpenSci participara en actividades de divulgación dentro de las comunidades. Algo que también expresa en su artículo.

¿Cómo puedes contribuir a pyOpenSci?

Una buena forma de iniciarte en pyOpenSci, es involucrarte en este proyecto. Asi que aquí te presentamos algunas maneras de hacerlo:

  • Únete a una reunión de la comunidad. Son reuniones de video aproximadamente cada dos semanas.

  • Súmate al foro comunitario. Un espacio donde se discuten los temas de interés y se publican los anuncios de nuevas reuniones.

  • Envía un paquete. Hazlo para apoyar a la comunidad científica Python en general y a la de pyOpenSci en específico.

  • Puedes ser un revisor de paquetes.

  • Ayuda con la infraestructura técnica. Por ejemplo, tanto el sitio oficial del Proyecto como los otros sitios web necesitan mantenimiento y desarrollo.

  • Participa activamente en la divulgación de pyOpenSci. Comenta a tus amigos y colegas, haz mención del proyecto en eventos abiertos y en tus redes sociales, ¡Transmite la información para hacer crecer esta comunidad!

Colaboradores

Según el fundador de pyOpenSci, para colaborar se necesita lo siguiente: «Además de un amor por Python, uno debería tener un amor por ser abierto y transparente sobre los temas que les apasionan». Esto lo expresó en su post para la comunidad rOpenSci en 2013 (mencionado en apartados anteriores). Donde resalta que, para ese momento, solo era él en pyOpenSci y hasta la actualidad más de 20 personas han colaborado con el proyecto, conformando una comunidad diversa de personas con un fin común: ofrecer un lugar práctico en torno al software científico en Python y donde se promuevan las buenas practicas de ciencia abierta.

La lista de colaboradores de pyOpenSci está disponible en su página oficial.

Paquetes pyOpenSci

La comunidad pyOpenSci es la encargada de desarrollar, presentar, revisar y promover los paquetes de software científico. Al ser una comunidad abierta, cualquiera puede enviar un paquete para su revisión. Puedes conocer los paquetes que se encuentran actualmente en revisión accediendo al siguiente repositorio GitHub y los aceptados en este otro enlace.

Los paquetes aprobados hasta ahora por pyOpenSci se refieren a:

  • Exploración y visualización de datos espaciales earthpy.

  • Diapositivas de Jupyter Notebooks (enlace a artículo que-es-jupyter) Nbless.

  • Validación de las estructuras de datos manejadas por pandas con Pandera.

  • Datos geoquímicos pyrolite.

Pasemos ahora a conocer algunos de los sitios y recursos técnicos que mantiene el proyecto (además de las reuniones y el foro).

pyOpenSci blog

El blog de la comunidad pyOpenSci, al cual puedes acceder en [https://www.pyopensci.org/blog/] contiene información, entre otras cosas, sobre:

  • Eventos y actividades planificadas.

  • Paquetes que han pasado por el proceso de revisión.

  • Desafíos de pyOpenSci en la enorme comunidad Python.

Otros recursos y sitios relacionados

La comunidad pyOpenSci está abierta para que envíes un paquete, te conviertas en revisor, ayudes a difundir sus actividades y buenas prácticas, para que tomen en cuenta tus dudas o inquietudes y así puedas contribuir a la comunidad científica de Python.

Referencias

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