Para compartir, almacenar y divulgar de una manera fácil los datos y resultados de las investigaciones, los científicos deben contar con paquetes que lo garanticen. De esta manera, las investigaciones serán compatibles con formatos estandarizados y se logrará, progresivamente, el avance de la ciencia bajo el enfoque de ciencia abierta.
Una de las comunidades de promoción y desarrollo de software de código abierto que proporciona estas ventajas para los investigadores es rOpenSci. A lo largo de este post conoceremos lo que hace la comunidad, cómo puedes formar parte y estar en armonía con ella, el proceso de revisión y más.
¿Qué es rOpenSci? #
rOpenSci es una iniciativa sin fines de lucro fundada en 2011 por Karthik Ram, Scott Chamberlain y Carl Boettiger con la finalidad de promover, enseñar y hacer crecer las mejores prácticas en el desarrollo, uso y revisión por pares de software para el lenguaje R. Todo esto con el objeto de fomentar el uso de la ciencia abierta en las investigaciones.
rOpenSci es un proyecto patrocinado fiscalmente por NumFOCUS una organización que apoya y promueve la computación científica, innovadora y de código abierto. Consulta el siguiente post de su blog con la presentación del proyecto: Cómo rOpenSci utiliza Code Review para promover la ciencia reproducible.
rOpenSci, gracias a su mecanismo de revisión por pares y el constante trabajo de los desarrolladores de la comunidad, ha logrado más de 200 paquetes disponibles, alrededor de 500 contribuyentes de código y más de 500 citas en investigaciones, formando un imponente sistema de software abierto para el desarrollo y la revisión por pares (https://ropensci.org/pdfs/2018-08-15_rpharma_ropensci_butland.pdf). Desde estos enlaces puedes conocer tanto el equipo principal, como el de becarios de investigación, alumnos y colaboradores del proyecto.
La comunidad de rOpenSci acepta donaciones de individuos, instituciones y corporaciones que apoyen sus actividades. Si deseas hacer una donación al proyecto, accede a este formulario.
Acerca de los Paquetes de rOpenSci #
Un paquete rOpenSci es una herramienta de software de R que está siendo o ha sido examinado cuidadosamente (mediante un proceso de revisión por pares), y que ha sido aportado por el personal y miembros de la comunidad.
Con los paquetes de rOpenSci puedes, entre otras cosas, recopilar y acceder a datos desde varias fuentes y de varios tipos, analizarlos de manera interactiva y realizar visualizaciones de estos. Además, puedes incluir una narrativa en el proceso que permita generar un documento para presentaciones finales, en formatos como Word, Markdown, PDF o LaTeX, que luego puedes compartir.
Explora los tutoriales, videotutoriales y casos de uso de los paquetes #
rOpenSci ofrece una documentación diversa, incluyendo tutoriales y videotutoriales que muestran un recorrido detallado acerca de lo que puedes hacer con sus paquetes. Asimismo, presenta casos de Uso con ejemplos de su manejo en situaciones reales.
Infórmate brevemente sobre la revisión por pares de software en rOpenSci #
¿Cómo enviar un paquete a rOpenSci?, y ¿cómo es el proceso de revisión? #
La comunidad en general puede enviar un paquete para que sea revisado y, los revisores de la comunidad deben garantizar el cumplimiento de ciertos requerimientos internos y un nivel de calidad consistente para que los paquetes sean aceptados. Para lograrlo llevan a cabo un proceso de revisión por pares caracterizado por ser transparente, constructivo y abierto.
El proceso es un trabajo voluntario donde intervienen: los editores que gestionan el flujo de entrada de los paquetes y garantizan su progreso; los autores que desarrollan, presentan y realizan mejoras en su paquete; y los revisores (dos por presentación de un paquete) que examinan el código del software y la experiencia del usuario. Dicho proceso se lleva a cabo en el repositorio de GitHub de Revisión de Software, allí notarás que se trata de una conversación continua hasta la aceptación del paquete, donde el autor recibe recomendaciones.
Si tu colaboración es aceptada, seguirás recibiendo el apoyo de la comunidad en lo referente a temas de mantenimiento y a las actualizaciones de R. Sin embargo, conservarás la propiedad y el control de tu paquete. La comunidad te ofrece promocionarlo en su página web, blog y redes sociales. Cabe destacar, que si tienes un documento de desarrollo este puede ser enviado, luego de la revisión, a la Journal of Open-Source Software (JOSS) para su publicación.
La comunidad cuenta con un libro guía que recopila todos los aspectos importantes para el desarrollo, mantenimiento y revisión de los paquetes de rOpenSci, que incluye una guía para los editores, autores y revisores, las políticas de la comunidad, las buenas prácticas para el mantenimiento de los paquetes y otros tópicos de interés. No puedes dejar de leerlo.
Si deseas enviar un paquete, lo primero que debes hacer es darle un vistazo a la Guía para autores antes de abrir un número de envío en el repositorio de revisión de software.
Únete como revisor de paquetes #
Si deseas ser revisor, puedes proponerte a través de este formulario con información de contacto y áreas de especialización, pero te recomendamos que antes leas la guía para revisores donde se detalla el proceso a seguir.
Lo que debes hacer para estar en sintonía con la comunidad #
Para unirte y estar al día con la comunidad, además de hacerlo enviando un paquete, siendo editor o revisor, puedes:
-
Seguir el proyecto en sus redes sociales, en Twitter como @rOpenSci y promoverlo en las tuyas.
-
Acceder y explorar el rOpenSci blog para conocer los paquetes, aprender a utilizarlos o contribuir a su mejora, conocer las mejores prácticas en desarrollo y revisión de software, eventos y otros post de la comunidad.
-
Suscribirte a rOpenSci News el boletín informativo de rOpenSci, y recibir actualizaciones semestrales de las actividades de la comunidad en tu correo.
-
Asistir a las llamadas de la comunidad rOpenSci community calls. Son llamadas trimestrales para aprender más sobre los desarrollos de rOpenSci y nuevos proyectos. Son gratuitas y abiertas, las llamadas anteriores se encuentran grabadas y disponibles en línea. Si tienes alguna idea para un tema de la llamada comunitaria puedes plasmarlo en el depósito público de ideas.
-
Plantear y responder preguntas en el foro de discusión, en Stackoverflow con la etiqueta #ropensci o en Twitter.
-
Conocer los eventos próximos en la página oficial (https://ropensci.org/events/).
-
Visitar otros recursos que te ofrece rOpenSci como charlas y publicaciones sobre la comunidad, la ciencia abierta y la revisión por pares de software de código abierto, de las cuales puedes descargar las presentaciones o ver en línea.
La comunidad rOpenSci está abierta a tu participación y a la de cualquier persona. Si usas el lenguaje R, unirte a ella es una buena oportunidad. Puedes darle un vistazo a nuestro post sobre pyOpenSci: un promotor de la ciencia abierta si tu lenguaje de programación es Python; y tus aspiraciones son las de desarrollar un paquete, ser editor, revisor, o seguir a esta comunidad.